Chiều 6 tháng 9 năm 2016, ông Thanh đã chủ động gọi điện thoại cho phóng viên Báo Thanh Niên khẳng định lại việc đã gửi đơn xin ra khỏi Đảng đến các cơ quan chức năng ở Trung ương cũng như Tỉnh ủy Hậu Giang.[31] Cùng ngày, Trịnh Xuân Thanh đã liên hệ với blogger Người Buôn Gió để nhờ đưa đơn xin ra khỏi Đảng lên mạng Internet, với nội dung "như trên tôi đã báo cáo toàn bộ sự việc, tôi không còn tin vào sự chỉ đạo nữa nên tôi làm báo cáo gửi các đồng chí, kính mong các đồng chí có trách nhiệm, ý thức được việc mình kết luận ngày hôm nay một cách chính xác, khách quan không chịu áp lực. Tôi xin ra khỏi đảng vì không tin vào sự chỉ đạo của đồng chí tổng bí thư."[5]

Ngày 7 tháng 9 Trưởng ban Tổ chức Tỉnh ủy Hậu Giang Bùi Văn Sáu cho biết chưa nhận được đơn xin ra khỏi Đảng của ông Trịnh Xuân Thanh.[32][33][34]

Ngày 8 tháng 9 năm 2016, Ban bí thư Trung ương Đảng biểu quyết bằng phiếu kín, với 100% phiếu đồng ý kỷ luật khai trừ ra khỏi Đảng với ông Trịnh Xuân Thanh.[35]

Tỉnh ủy Hậu Giang phát công văn triệu tập ông Trịnh Xuân Thanh,[36] nhưng gia đình ông không liên lạc được và cũng không rõ ông đã đi đâu.[37]